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迁地保护是对就地保护的有效补充, 最终目标是建立可持续生存种群并使其将来能够回归到野外生境中。可持续生存种群要求具有一定的遗传变异量, 因此迁地保护前需要评估候选源种群的遗传组成状况, 用以选择迁地保护种群的奠基者。大尺度上, 考虑到局域适应及避免远交衰退, 迁地保护的个体应该在一个管理单元内选择。小尺度上, 收集野生个体的具体原则是既要含有尽可能多的遗传变异, 又要代表一个管理单元内易于丢失的遗传支系或低频率的等位基因。
动物迁地保护实践中广泛采用的措施是圈养繁育，随着分子生物学技术的发展, 采用分子标记指导圈养繁育计划取得了良好效果, 近十几年来动物迁地保护研究采用的分子标记由原来的等位酶、AFLP等转变为线粒体DNA序列、SSRs以及基因组序列信息等。应用分子标记, 短期内可以通过推断个体间亲缘关系, 建立正确的配对亲本, 提高繁育计划成功率; 长期来看, 通过计算不同支系的平均亲缘关系用于设计繁殖配对方案, 有利于保持种群遗传多样性, 降低小种群带来的遗传后果。
对于植物来说, 种子库也是一种有效的迁地保护方式, 目前已有多个国家设立了种子库, 如我国西南野生生物种质资源库。采集种子时, 要考虑种内个体的空间分布, 特别是对于种群间基因流低的物种。如有多个分布区域, 则在每个区域都采集一个种群，这样获得的等位基因数量是在一个分布区域采集所有的种群的1.75倍, 并且从这种广泛分布但数量不多的种群中采集中等数量的个体(每种群25–30个)是最优的策略。
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